Ghemicalin lisätoimintoja
Ghemicalin perusohjeessa tutustuttiin perustoimintoihin ja esimerkiksi molekyylien mallintamiseen. Tässä ohjeessa tutustutaan muihin ohjelman peruskäytössä hyödyllisiin ominaisuuksiin.
Johdanto
[muokkaa]Seuraavassa on muutamia yleiskäytössä hyödyllisiä Ghemicalin toimintoja ja ominaisuuksia. Ohjeen hyödyntämiseksi suositellaan tutustumista aiempiin Ghemicalia koskeviin artikkeleihin.
Tallentaminen ja avaaminen
[muokkaa]Ghemicalilla tehdyt molekyylit voidaan luonnollisesti tallentaa ja avata uudelleen käsiteltäviksi. Tallentaminen tapahtuu seuraavasti:
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse File > Save As..
- Valitse tallennettavalle tiedostolle sijainti ja syötä sille nimi
- Napsauta OK
Molekyylin avaaminen tapahtuu esimerkiksi seuraavasti.
- Valitse ohjelma ikkunan vasemmasta yläkulmasta File > Open..
- Valitse avattava tiedosto ja napsauta OK
Esitystavat
[muokkaa]Ghemicalissa mallinnettuja molekyylejä voidaan esittää muutamalla eri tavalla. Esitystavan vaihtaminen tapahtuu seuraavasti.
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse Render > Render Mode > (Haluttu esitystapa)
Mahdolliset esitystavat on esitelty kuvien kanssa seuraavassa.
Ball & Stick
Oletuksena oleva esitystapa, jossa atomit esitetään palloina ja sidokset niiden välisinä viivoina.
Van der Waals
Pallomainen esitystapa joka määräytyy Van der Waal-säteiden mukaisesti.
Cylinder
Sylinterimäinen esitystapa.
Wireframe
Molekyyli esitettynä rautalankamallina.
Molekyylin ominaisuudet
[muokkaa]Etäisyyksien ja kulmien määrittäminen
[muokkaa]Ghemicalin avulla on helppo määrittää kahden atomin välinen etäisyys seuraavasti.
- Valitse työkaluriviltä Measure-työkalu
- Napsauta kahta atomia joiden välinen etäisyys halutaan määrittää
- Tulos tulee näkyviin ohjelmaikkunan tulostusalueelle
Sidosten välinen kulma määritetään samalla tavalla, mutta tällöin valitaan kolme atomia jotka mitattavan kulman muodostavat.
Molekyylin rakenteen kaava
[muokkaa]Käsiteltävän molekyylin rakennekaava saadaan laskettua seuraavasti.
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse Compute > Formula
Avautuneessa ikkunassa ilmoitetaan molekyylin kaava.
Atomi ja sidostietojen näyttäminen
[muokkaa]Molekyylien rakenteesta saadaan tarkempaa tietoa seuraavan valinnan avulla.
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse Render > Label Mode > Haluttu lisätietokenttä
Käytännöllisimpiä saatavilla olevista nimikentistä ovat esimerkiksi seuraavat.
- Index - Molekyylien atomien numerointi
- Element - Molekyylien atomien nimen lyhenne
- Bond type - Atomien välisten sidosten tyyppi
