GChemPaintin perusohje

Kohteesta Linux.fi
Loikkaa: valikkoon, hakuun

GChemPaint on molekyylien kemiallisten rakenteiden piirtämiseen tarkoitettu ohjelma. Erityisen hyvin se sopii orgaanisen kemian molekyylien rakennekuvien piirtämiseen. Tässä ohjeessa tutustutaan ohjelman perustoimintoihin ja valmiiden rakennemallien hyödyntämiseen.

Ennen ohjelman käyttöön ottamista on huomioitava, että GChemPaint on vielä nuori ja kehityksen alla oleva ohjelmisto. Ohjelma on tällä hetkellä saatavilla vain englanninkielisenä ja etenkin varnhemmat versiot voivat olla epävakaita.

Ohjelman perustoiminnot[muokkaa]

Seuraavassa on viitteellisesti esitelty ohjelman päätoiminnot. Parhaiten niiden käyttölogiikan oppii omaehtoisen harjoittelun avulla.

Molekyylien piirtäminen työkaluilla[muokkaa]

Yksittäisen atomin lisääminen[muokkaa]

Yksittäisiä atomeita voidaan lisätä työkalurivin lisäyspainikkeen avulla.
1-gchempaint-orgaanista kemiaa-lisayspainike.png

Tuplanapsautettaessa painiketta voidaan haluttu alkuaineatomi valita jaksollista järjestelmää muistuttavasta ikkunasta.

2-gchempaint-orgaanista kemiaa-alkuaineet.png

Tämän jälkeen atomi lisätään napsauttamalla työtilaa. GChemPaint lisää automaattisesti esimerkiksi yksittäisen hiilen ympärille kuuluvat vetyatomit. Esimerkkikuvassa on malliksi lisätty hiiliatomi jonka jälkeen GChemPaint on automaattisesti lisännyt sen ympärille tarvittavat vetyatomit ja muodostanut näin metaani-molekyylin.

3-gchempaint-orgaanista kemiaa-tyotila.png


Molekyyn lisääminen valmiista malleista[muokkaa]

GChemPaint sisältää valmiiksi useita monimutkaisempia molekyylejä jotka voidaan lisätä käsiteltäviksi valikosta valitsemalla. Tämä tapahtuu seuraavasti.

  • Valitaan työkalurivin valikosta haluttu molekyyli (esimerkissä bentseeni)
4-gchempaint-orgaanista kemiaa-molekyylin lisaaminen.png
  • Napsautetaan mallin lisäämiseen käytettävän työkalun kuvaketta
    5-gchempaint-orgaanista kemiaa-bentseenin lisaaminen.png
  • Napsautetaan työtilassa kohtaa johon molekyyli lisätään
6-gchempaint-orgaanista kemiaa-mallin lisaaminen.png

Tämän jälkeen haluttu molekyyli on saatu lisättyä.

Sidoksen tekeminen [muokkaa]

Molekyylien välisiä sidoksia tehdään työkalurivillä olevien sidostyökalujen avulla.
7-gchempaint-orgaanista kemiaa-tyotilan kohta.png
  • Lisää tai tee halutut rakenneosat
  • Valitse haluttu sidostyökalu
  • Vedä sidos rakenneosasta toiseen

Esimerkkikuvassa on lisätty metaani ja bentseeni-molekyylit ja yhdistetty ne yksinkertaisella sidoksella. GChemPaint piilottaa metyyliryhmäksi muuttuneen metaanin automaattisesti.


8-gchempaint-orgaanista kemiaa-sidokset.png

Metaani ja bentseeni molekyylit erillisinä

9-gchempaint-orgaanista kemiaa-bentseeni.png

Bentseeni ja metaani liitettyinä yksinkertaisella sidoksella

Atomin tai molekyylin poistaminen[muokkaa]

Yksittäinen atomi voidaan poistaa työkalurivin pyyhekumitoiminnolla.

  • Valitse pyyhekumi-painike
    10-gchempaint-orgaanista kemiaa-yhdistys.png
  • Napsauta atomia joka halutaan poistaa

Kokonainen molekyyli on helpointa poistaa valitsemalla se aktiiviseksi ja napsauttamalla näppäimistön del-painiketta.

  • Valitse valintatyökalu
    11-gchempaint-orgaanista kemiaa-pyyhekumi.png
    työkaluriviltä
  • Napsauta poistettava molekyyli aktiiviseksi
  • Paina del-näppäintä

Atomin tai molekyylin liikutaminen[muokkaa]

Molekyylejä voidaan liikuttaa valitsemalla valintatyökalu ja tarttumalla hiirellä haluttuun molekyyliin.

Molekyylin tallentaminen[muokkaa]

Mikäli molekyyli halutaan tallentaa muokattavassa muodossa toimitaan seuraavasti.

  • Valitse File > Save As...
  • Anna tiedostolle nimi
  • Napsauta Save -painiketta


Jos tarkoituksena on saada molekyyli esimerkiksi tekstinkäsittelyohjelmaan tallennetaan se kuvatiedostoksi.

  • Valitse haluttu molekyyli tai molekyylit aktiivisiksi
  • Valitse File > Save As Image...
  • Anna tiedostolle nimi, jonka lopussa on kuvatiedostonpääte .png. Esimerkiksi bentseenirengas.png.
  • Napsauta Save-painiketta

Tämän jälkeen molekyyli voidaan lisätä tekstin sekaan normaalina kuvatiedostona.


GCemPaintin molekyylien avaus Ghemicalissa[muokkaa]

Molekyylien rakennekuvia piirrettäessä GChemPaint on hyvä työväline reaktioyhtälöiden tekemiseen tai jos molekyylirakenteita halutaan esimerkiksi tekstinkäsittelyn sekaan. Mikäli samoja, jo kertaalleen piirrettyjä molekyylejä halutaan tarkastella kolmiulotteisesti Ghemical-ohjelmistolla ei ole välttämätöntä piirtää niitä kokonaan uudelleen.


Miten toimitaan?[muokkaa]

  • Käynnistä GChemPaint
  • Piirrä/avaa haluttu molekyyli tai valitse jokin valmiista malleista. Esimerkissä on avattu naftaliini-molekyyli.
1-gchempaint-ghemical-molekyyli.png
  • Napsauta molekyyliä hiiren kakkospainikkeella
  • Valitse "Export to Ghemical"
2-gchempaint-ghemical-export.png
Nyt molekyyli avautuu Ghemicalissa. Molekyyliä voidaan nyt pyöritellä vapaasti ja tutkia sen rakennetta.
3-gchempaint-ghemical-ghemical.png

Ensi viikon oppaassa tutustutaan tarkemmin muutamiin Ghemicalin ominaisuuksiin joilla molekyyleistä voidaan esimerkiksi laskea tarkempia tietoja.