Muokataan sivua GChemPaintin perusohje

GChemPaint on molekyylien kemiallisten rakenteiden piirtämiseen tarkoitettu ohjelma. Erityisen hyvin se sopii orgaanisen kemian molekyylien rakennekuvien piirtämiseen. Tässä ohjeessa tutustutaan ohjelman perustoimintoihin ja valmiiden rakennemallien hyödyntämiseen. 

Ennen ohjelman käyttöön ottamista on huomioitava, että GChemPaint on vielä nuori ja kehityksen alla oleva ohjelmisto. Ohjelma on tällä hetkellä saatavilla vain englanninkielisenä ja etenkin varnhemmat versiot voivat olla epävakaita. 

== Ohjelman perustoiminnot ==
Seuraavassa on viitteellisesti esitelty ohjelman päätoiminnot. Parhaiten niiden käyttölogiikan oppii omaehtoisen harjoittelun avulla.

=== Molekyylien piirtäminen työkaluilla ===
==== Yksittäisen atomin lisääminen ====
Yksittäisiä atomeita voidaan lisätä työkalurivin lisäyspainikkeen avulla.[[Kuva:1-gchempaint-orgaanista_kemiaa-lisayspainike.png|thumb|250px|none]] 

Tuplanapsautettaessa painiketta voidaan haluttu alkuaineatomi valita jaksollista järjestelmää muistuttavasta ikkunasta.

[[Kuva:2-gchempaint-orgaanista_kemiaa-alkuaineet.png|thumb|250px|none]]

Tämän jälkeen atomi lisätään napsauttamalla työtilaa. GChemPaint lisää automaattisesti esimerkiksi yksittäisen hiilen ympärille kuuluvat vetyatomit. Esimerkkikuvassa on malliksi lisätty hiiliatomi jonka jälkeen GChemPaint on automaattisesti lisännyt sen ympärille tarvittavat vetyatomit ja muodostanut näin metaani-molekyylin. 

[[Kuva:3-gchempaint-orgaanista_kemiaa-tyotila.png|thumb|250px|none]]



=== Molekyyn lisääminen valmiista malleista ===
GChemPaint sisältää valmiiksi useita monimutkaisempia molekyylejä jotka voidaan lisätä käsiteltäviksi valikosta valitsemalla. Tämä tapahtuu seuraavasti.

* Valitaan työkalurivin valikosta haluttu molekyyli (esimerkissä bentseeni)

[[Kuva:4-gchempaint-orgaanista_kemiaa-molekyylin_lisaaminen.png|thumb|250px|none]]

* Napsautetaan mallin lisäämiseen käytettävän työkalun kuvaketta [[Kuva:5-gchempaint-orgaanista_kemiaa-bentseenin_lisaaminen.png|thumb|250px|none]]

* Napsautetaan työtilassa kohtaa johon molekyyli lisätään

[[Kuva:6-gchempaint-orgaanista_kemiaa-mallin_lisaaminen.png|thumb|250px|none]]

Tämän jälkeen haluttu molekyyli on saatu lisättyä.

==== Sidoksen tekeminen  ====
Molekyylien välisiä sidoksia tehdään työkalurivillä olevien sidostyökalujen avulla. [[Kuva:7-gchempaint-orgaanista_kemiaa-tyotilan_kohta.png|thumb|250px|none]]

* Lisää tai tee halutut rakenneosat
* Valitse haluttu sidostyökalu
* Vedä sidos rakenneosasta toiseen

Esimerkkikuvassa on lisätty metaani ja bentseeni-molekyylit ja yhdistetty ne yksinkertaisella sidoksella. GChemPaint piilottaa metyyliryhmäksi muuttuneen metaanin automaattisesti. 



[[Kuva:8-gchempaint-orgaanista_kemiaa-sidokset.png|thumb|250px|none]]

Metaani ja bentseeni molekyylit erillisinä

[[Kuva:9-gchempaint-orgaanista_kemiaa-bentseeni.png|thumb|250px|none]]

Bentseeni ja metaani liitettyinä yksinkertaisella sidoksella

== Atomin tai molekyylin poistaminen ==
Yksittäinen atomi voidaan poistaa työkalurivin pyyhekumitoiminnolla.

* Valitse pyyhekumi-painike [[Kuva:10-gchempaint-orgaanista_kemiaa-yhdistys.png|thumb|250px|none]]
* Napsauta atomia joka halutaan poistaa

Kokonainen molekyyli on helpointa poistaa valitsemalla se aktiiviseksi ja napsauttamalla näppäimistön ''del''-painiketta.

* Valitse valintatyökalu [[Kuva:11-gchempaint-orgaanista_kemiaa-pyyhekumi.png|thumb|250px|none]] työkaluriviltä
* Napsauta poistettava molekyyli aktiiviseksi
* Paina ''del''-näppäintä

== Atomin tai molekyylin liikutaminen ==
Molekyylejä voidaan liikuttaa valitsemalla valintatyökalu ja tarttumalla hiirellä haluttuun molekyyliin. 

== Molekyylin tallentaminen ==
Mikäli molekyyli halutaan tallentaa muokattavassa muodossa toimitaan seuraavasti.

* Valitse'' File'' > ''Save As...''
* Anna tiedostolle nimi
* Napsauta ''Save'' -painiketta



Jos tarkoituksena on saada molekyyli esimerkiksi tekstinkäsittelyohjelmaan tallennetaan se kuvatiedostoksi.

* Valitse haluttu molekyyli tai molekyylit aktiivisiksi
* Valitse ''File'' > ''Save As Image...''
* Anna tiedostolle nimi, jonka lopussa on kuvatiedostonpääte .png. Esimerkiksi ''bentseenirengas.png''.
* Napsauta ''Save''-painiketta 

Tämän jälkeen molekyyli voidaan lisätä tekstin sekaan normaalina kuvatiedostona.


==GCemPaintin molekyylien avaus Ghemicalissa==

Molekyylien rakennekuvia piirrettäessä GChemPaint on hyvä työväline reaktioyhtälöiden tekemiseen tai jos molekyylirakenteita halutaan esimerkiksi tekstinkäsittelyn sekaan. Mikäli samoja, jo kertaalleen piirrettyjä molekyylejä halutaan tarkastella kolmiulotteisesti Ghemical-ohjelmistolla ei ole välttämätöntä piirtää niitä kokonaan uudelleen. 
 

=== Miten toimitaan? ===
* Käynnistä GChemPaint 
* Piirrä/avaa haluttu molekyyli tai valitse jokin valmiista malleista. Esimerkissä on avattu naftaliini-molekyyli.

[[Kuva:1-gchempaint-ghemical-molekyyli.png|thumb|250px|none]]

* Napsauta molekyyliä hiiren kakkospainikkeella
* Valitse "''Export to Ghemical''"

[[Kuva:2-gchempaint-ghemical-export.png|thumb|250px|none]]Nyt molekyyli avautuu Ghemicalissa. Molekyyliä voidaan nyt pyöritellä vapaasti ja tutkia sen rakennetta. 

[[Kuva:3-gchempaint-ghemical-ghemical.png|thumb|250px|none]] 

Ensi viikon oppaassa tutustutaan tarkemmin muutamiin Ghemicalin ominaisuuksiin joilla molekyyleistä voidaan esimerkiksi laskea tarkempia tietoja.



[[Luokka:Ohjeet]]
Nykyinen versio		Oma tekstisi
Rivi 1:		Rivi 1:
	[[GChemPaint]] on molekyylien kemiallisten rakenteiden piirtämiseen tarkoitettu ohjelma. Erityisen hyvin se sopii orgaanisen kemian molekyylien rakennekuvien piirtämiseen. Tässä ohjeessa tutustutaan ohjelman perustoimintoihin ja valmiiden rakennemallien hyödyntämiseen.		GChemPaint on molekyylien kemiallisten rakenteiden piirtämiseen tarkoitettu ohjelma. Erityisen hyvin se sopii orgaanisen kemian molekyylien rakennekuvien piirtämiseen. Tässä ohjeessa tutustutaan ohjelman perustoimintoihin ja valmiiden rakennemallien hyödyntämiseen.

	Ennen ohjelman käyttöön ottamista on huomioitava, että GChemPaint on vielä nuori ja kehityksen alla oleva ohjelmisto. Ohjelma on tällä hetkellä saatavilla vain englanninkielisenä ja etenkin varnhemmat versiot voivat olla epävakaita.		Ennen ohjelman käyttöön ottamista on huomioitava, että GChemPaint on vielä nuori ja kehityksen alla oleva ohjelmisto. Ohjelma on tällä hetkellä saatavilla vain englanninkielisenä ja etenkin varnhemmat versiot voivat olla epävakaita.